С начала 2000-х в мастерскую вошли сыновья основателей – Илья Сергеевич и Константин Сергеевич Трофимовы, выпускники СПбГАСУ. В этот период были построены жилые дома, торговые центры и объекты городского благоустройства, отмеченные дипломами всероссийских конкурсов. Знаковым объектом стало фондохранилище Государственного Эрмитажа в Старой деревне, которое определило одно из направлений специализации мастерской -проектирование музеев и выставочных центров.
Важный опыт был получен в работе с городским ландшафтом. Реализованный проект Круглого сада Фондохранилища в 2005 году был признан лучшим в России и получил Золотой диплом фестиваля Зодчество. Совместная работа с ведущими скульпторами позволила создать Мини-город в Александровском парке с символическим собранием зодчих-основателей города.
В 2010-е годы был реализован проект мастерской по организации внутренних пространств конгрессно-выставочного центра «Экспофорум», физкультурно-оздоровительных комплексов и других общественных зданий. С 2014 года Константин Сергеевич Трофимов параллельно с работой в семейной мастерской развивал собственную проектную компанию совместно с партнерами - Иваном Клюкиным и Светланой Эрнст — ООО «Первый проектный институт». В этот период были выполнены проекты загородного спортивного клуба в посёлке Ленинское, терминала высокоскоростной железнодорожной магистрали в Санкт-Петербурге, транспортно-пересадочных узлов, мастер-планов территорий, парков и общественных пространств.